Trường THCS Lý Thường Kiệt được xây dựng trên địa bàn phường Vĩnh Thọ, một phường thuộc thành phố Nha Trang có nhiệm vụ giáo dục, bồi dưỡng cho học sinh chủ yếu trên địa bàn Phường Vĩnh Thọ với các khối lớp 6,7,8,9. Ngày 05/5/1995 theo Quyết định số 79/QĐ-GD của Giám đốc Sở GDĐT tỉnh Khánh Hòa, Trường phổ thông trung học cấp II Vĩnh Thọ đổi tên thành trường THCS Lý Thường Kiệt.
Trong 5 năm qua, nhà trường đã có nhiều chuyển biến trong việc tổ chức các hoạt động giáo dục, chất lượng đào tạo được nâng cao, tỷ lệ lên lớp thẳng hàng năm tăng, tỷ lệ học sinh lớp 9 được xét tốt nghiệp THCS và thi vào chuyên Lê Quý Đôn cũng như được xét tuyển vào học lớp 10 công lập hàng năm bình quân trên 50%, liên tục có học sinh đạt giải học sinh giỏi cấp thành phố và cấp tỉnh, tham gia Hội khỏe Phù Đổng các cấp và các hội thi văn hóa, văn nghệ đạt nhiều huy chương. Trong những năm qua, nhà trường luôn được sự quan tâm chỉ đạo của Lãnh đạo Phòng Giáo dục Đào tạo thành phố Nha Trang, sự quan tâm của Đảng ủy, Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân phường Vĩnh Thọ, sự phối hợp của các đoàn thể, ban, ngành trong và ngoài nhà trường, đặc biệt là sự đồng thuận và hỗ trợ tích cực của Hội cha mẹ học sinh, Hội Khuyến học. Đến nay, nhà trường có 100% nhà giáo đạt chuẩn đào tạo, trong đó có 93,3% nhà giáo có trình độ chuyên môn trên chuẩn đào tạo, có nhiều GV đạt GV giỏi cấp thành phố và cấp tỉnh, chất lượng giáo dục luôn ổn định và được nâng cao.
Những thành tích đã đạt được trong 5 năm liền:
+ Được công nhận trường Chuẩn Quốc gia từ 2020-2025 theo Quyết định số 629/QĐ-CTUBND ngày 24/3/2020 của UBND tỉnh Khánh Hòa;
+ Từ năm học 2017 - 2018 đến năm học 2021 - 2022, có 4 năm nhà trường được công nhận Tập thể Lao động tiên tiến, được Chủ tịch UBND Thành phố khen thưởng; 1 năm được công nhận là trường tiên tiên xuất sắc, được Chủ tịch UBND Tỉnh khen.
+ Cảnh quan sư phạm luôn được tôn tạo, phát huy phong trào xây dựng “Trường học thân thiện, học sinh tích cực”;
+ Chi bộ và các đoàn thể đã lãnh đạo, tư vấn có hiệu quả, vì thế nhà trường đã gặt hái được những thành công nhất định, chất lượng giáo dục từng bước được cải thiện, các phong trào thi đua ngày càng phát huy tác dụng, từ đó nâng cao uy tín nhà trường và sự tín nhiệm của nhân dân địa phương.
- Trường THCS Lý Thường Kiệt thuộc địa bàn phường Vĩnh Thọ, là một phường nằm ở phía Đông Bắc của thành phố Nha Trang, Đông giáp biển Đông, Tây giáp phường Vĩnh Phước, Phía Bắc giáp phường Vĩnh Hải, Phía Nam giáp phường Xương Huân.
- Diện tích tự nhiên là 0,73 km2. Toàn phường có 9 tổ dân phố, 1.326 hộ với 7.679 nhân khẩu, đại đa số người dân ở đây sống bằng nghề đánh bắt hải sản và lao động tự do.
- Trong những năm qua, nhà trường luôn được sự quan tâm chỉ đạo của Đảng ủy, Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân phường Vĩnh Thọ, sự phối hợp của các đoàn thể, ban ngành trong và ngoài nhà trường, Đến nay, nhà trường có 96,5% nhà giáo có trình độ chuyên môn chuẩn đào tạo (01 giáo viên đang học), có nhiều GV đạt GV giỏi cấp thành phố và cấp tỉnh, chất lượng giáo dục luôn ổn định và được nâng cao.